Στην περιοχή «Πάνια», στο ανατολικό τμήμα της Αράχωβας, υπάρχει ο Παλαιοχριστιανικός οικισμός ( 4ος – 7ος αιώνας μΧ) που ορίζεται με την ύπαρξη τριών μονόχωρων ναών του. Η κατοίκηση συνεχίζεται στον ίδιο χώρο μέχρι τα Μεσοβυζαντινά χρόνια (10ος αι – 11ος αι μΧ) και μετακινείται στον τόπο της σημερινής πόλης.

Στα ευρήματα της Πάνιας Αράχωβας, συγκαταλέγονται :

  • Το ξωκκλήσι του Αγίου Στυλιανού στο οποίο έχουν βρεθεί υστερορωμαϊκά όστρακα και αναλήμματα αρχαία ενώ λίγα μέτρα ανατολικά του ναού σώζεται μέρος των τοιχίων ναού παλαιοχριστιανικού χωρίου και για την οικοδόμησή του έχει χρησιμοποιηθεί αρχαίο υλικό από δουλεμένες πέτρες.
  • Τα ξωκκλήσια της Παναγιωτούς και της Σωτήρος στα οποία έχουν βρεθεί όστρακα ρωμαϊκής περιόδου και ερείπια μικροοικισμού παλαιοχριστιανικού οικισμού. Ειδικότερα στο ξωκκλήσι της Παναγιωτούς έχουν εντοπισθεί αρχαίοι τάφοι και    έχει αποτοιχισθεί από τη νότια πλευρά του ναού, αρχαία επιτύμβια στήλη που σώζεται στο Αρχαιολογικό Μουσείο των Δελφών. 
  • Στην περιοχή «Μούλτσα», ο Ναός του Αγίου Γεωργίου (σώζεται μέρος των τοιχίων) είναι του παλαιοχριστιανικού χωριού και έχουν χρησιμοποιηθεί αρχαίες πέτρες.

Εντός της σημερινής Αράχωβας, στην είσοδο του Ναού του Αγίου Γεωργίου, υπάρχουν 4 βάσεις κιόνων Ρωμαϊκής περιόδου καθώς και λίθινη τράπεζα που παραπέμπουν σε οικοδόμημα παλαιοχριστιανικής εκκλησίας. Επίσης ίχνη θεμελίωσης που βρίσκονται στο παρεκκλήσι του Αγίου Σπυρίδωνα και η σωζόμενη βάση πιθαριού, στερεωμένου στο έδαφος, παραπέμπουν σε παλαιοχριστιανικά ή βυζαντινά χρόνια.

Το ξωκκλήσι του Αγίου Ιωάννη στο νότιο τμήμα της Αράχωβας, χρονολογείται στα τέλη των Βυζαντινών χρόνων, είναι διατηρητέο μνημείο και έχει υπάρξει τόπος συγκέντρωσης Φιλικών. (δείτε εδώ, Αξιοθέατα, Άγιος Ιωάννης).

Στο ξωκκλήσι του Αγίου Μηνά, στη δυτική έξοδο της Αράχωβας, υπάρχει ορατό δάπεδο βυζαντινών χρόνων με υλικό από αρχαίες πέτρες και δύο επίκρανα με δυσανάγνωστη γραφή.

Ο Γάλλος Ιστορικός Pouqueville αναφέρει ότι η Αράχωβα τον ΙΓ’ αιώνα, κυβερνήθηκε από έναν ευγενή της οικογένειας de Nolse και ο περιηγητής- αρχαιολόγος Κυριάκος ο Αγκωνιάτης στα 1435 μΧ, αναφέρει ότι « η πόλις ήτο πολυάνθρωπος».

Στα 1466 αναφέρεται ότι η Αράχωβα είχε 52 οικογένειες, μαρτυρώντας έτσι τη μεγάλη καταστροφή που έπαθε στα 1460, κατά την Τουρκική κατάκτηση. Στη συνέχεια και έως τα 1570, η Αράχωβα εμφανίζει θεαματική αύξηση του πληθυσμού της.(Αναφέρονται 323 οικογένειες).

Από τα έτη 1676 και μετά, έχουμε συνεχείς μαρτυρίες για την Αράχωβα από περιηγητές.