Η Ιστορία της Αράχωβας ανάγεται στα πανάρχαια χρόνια. Είναι γεμάτη από αρχαίες οικήσεις που εκτείνονται από το Ζεμενό έως το Λιβάδι και τον Παρνασσό. (δείτε ενότητες Ζεμενό και Λιβάδι).

Τα πρώτα ίχνη κατοίκησης στην περιοχή της Αράχωβας, εντοπίζονται με τη μορφή οικισμών στο λόφο «Κουμούλα» Παρνασσού,(Λιβάδι Αράχωβας) όπου υπάρχουν λείψανα Μεσοελλαδικής (1900 – 1600 πΧ) και Υστεροελλαδικής περιόδου (1600 – 1100 πΧ) και στο Ζεμενό (Καστρούλι, Παλιόπυργος) όπου υπάρχουν λείψανα οικιών (5οςαι πΧ- 4ος  μΧ) και  οχύρωση από ασβεστολιθικές πέτρες. Το Λιβάδι Αράχωβας έχει συνδεθεί με τον κατακλυσμό και τη δημιουργία του πρώτου ελληνικού γένους.

      Η περιοχή της Αράχωβας, επί Ομηρικής εποχής, ανήκε στη Φωκίδα και η κατοίκησή της είναι πυκνή με δύο κύριες πόλεις: την Κυπάρισσο ανατολικά (Παλιόπυργος, 4ο Km Αράχωβας-Λιβαδειάς), δυτικά την Ανεμώρεια (Νεκροταφείο της σημερινής Αράχωβας) και τη μορφή μικροοικισμών στις ευρύτερες περιοχές του Παρνασσού, της Πάνιας       (3ο Κm Αράχωβας- Λιβαδειάς) και του ελαιώνα της Αράχωβας (νότια). Κατά άλλη εκδοχή, δυτικά της Αράχωβας τοποθετείται η Υάμπολις.

     Ο Όμηρος αναφέρει ότι η Ανεμώρεια έλαβε μέρος στον Τρωικό πόλεμο, με αρχηγούς τον Επίστροφο και το Σχεδίον. (Ιλιάδα, Β’ Ραψωδία, στ. 517 – 526).

   Στα 338 πΧ, οι κάτοικοι των δύο πόλεων : Ανεμώρειας και Κυπάρισσου έλαβαν μέρος στον «ιερό πόλεμο» και γι αυτό καταστράφηκαν ολοσχερώς από το Φίλιππο προς τιμωρία τους, εξαιτίας της ιεροσυλίας τους προς το Μαντείο των Δελφών.

   Έχουν βρεθεί αρχαία αναλήμματα και όστρακα στις περιοχές του ελαιώνα (Βαρέλια, Ελένη, Αγία Άννα, Παρτσό, Πύργος, Μοσκονοβός)  δυτικά της Αράχωβας (Άγιος Ευστάθιος – Άγιος Τρύφωνας) ενώ στην περιοχή της Πάνιας έχει βρεθεί αρχαίο υδραγωγείο, πιθάρια, λάγυνοι και τάφοι.

   Στο ξωκκλήσι του Αγίου Μηνά στη δυτική έξοδο της Αράχωβας, υπάρχουν αρχαίες καλοδουλεμένες πέτρες ενώ έχουν βρεθεί και πώρινες αρχαίες βάσεις κιόνων, που έχει παραλάβει η Aρχαιολογική Υπηρεσία Δελφών, ενώ στη θέση «Καγκέλι»(4o Κm Αράχοβας- Δελφών) έχουμε πύργο για στρατιωτικούς σκοπούς καθώς και για τη μετάδοση μηνυμάτων που σώζεται μόνο η μία πλευρά του.

   Μέσα στην Αράχωβα έχουν βρεθεί εργαλεία προϊστορικής και κλασικής εποχής (Αγία Τριάδα) που φυλάσσονται στο Ναό του Αγίου Γεωργίου, καθώς και λίθινος νεολιθικός πέλεκυς (περιοχή Λάκκα).

  ( Περισσότερα για τους οικισμούς Ζεμενό και Λιβάδι Αράχωβας, δείτε εδώ)

   Η Σχιστή οδός περνούσε από το Ζεμενό και δια μέσου της Αράχωβας (περιοχή ελαιώνα) κατέληγε στους Δελφούς. Από το δρόμο αυτό οι Έλληνες έστελναν τα αναθήματά τους στο Μαντείο των Δελφών, ενώ ο Οιδίπους σκότωσε, κατά λάθος, τον πατέρα του Λάιο.